教你写一份可重复实验方案

本文AJE将分享一些要点,为编写易于重复的实验方案提供一个框架。

更新于2023年11月1日

教你写一份可重复实验方案

你是否曾查看过学术论文中的 "材料与方法 "部分,试图找到你想在实验室中实施的方案细节?你是否遇到过一些简短的段落,简明扼要地概括了一种方法,却忽略了关键细节?你是否发现自己会问这样的问题

  • 这些样品旋转了多长时间?
  • 他们是把过夜的悬浮液放在冷藏箱还是冰柜里?
  • 他们到底购买了哪种金属亲和柱?

如果你的回答是肯定的,别担心,不是只有你遇到了这些问题。

撰写一份精确而详细、有脉络、可关联、可重复的实验方案的内容往往被局限在实验笔记上,除了实验笔记的主人和少数几个同事之外,再也不会有其他人看到。

本文AJE将分享一些要点,为编写易于重复的实验方案提供一个框架。

整体结构

重要的是要将实验方案(无论是基于湿实验室(wet lab)还是干实验室(dry lab)方法,无论是以生物学还是化学为重点,无论是简单还是高级)视为一份简短、模块化且自成一体的学术出版物。为此,在编写方案时可考虑以下几个因素。

实验方法的背景

你永远不知道将来谁会参考你的方案。可能是你准备离开的实验室里新加入的研究生,也可能是几年后新加入的博士后,而此时你已经是一名忙碌而成熟的 PI,远在千里之外,研究的可能是完全不同的东西。或者,可能是一位你从未见过的研究人员,他正在研究一种不同的物种,但正在寻找一种可以满足他们需要的方案。无论对方是谁,如果能在一开始就阅读一份三到四句话的摘要,简要解释你所研究的系统,描述你所面临的主要障碍或挑战,并强调你的工作流程的适用性,他们很可能会受益匪浅。

方案中使用的材料和工具

让我们面对现实吧:两批不同的琼脂糖或硫酸镁可能并不相同。常用的生化试剂在纯度、产量、pH 值、水合状态、等级以及其他生化或生物物理特征方面都可能存在差异。对许多研究人员来说,这可能无关紧要;但对另一些研究人员来说,这可能会影响到他们在工作流程中实施你的方案。

同样,当你提到 "离心机 "时,这可能并不表示离心机的转速有多快,也不表示离心机能将样品保持在多低的温度。当研究人员在实验进行到一半时发现,由于缺少一个简单的细节,他们根据你的方案设定的流程无法完成,这样的结果会让所有相关人员都感到沮丧。

这可能会导致对你的方案反馈不佳、浪费实验室资源以及本可以更好利用的时间和精力。尽可能多地分享细节,如目录编号和制造商详细信息。

实验年表

项目要点易于理解,有助于他人追踪特定的工作流程。在实验室中使用你的实验方案时,请务必仔细考虑你的具体操作,因为使用你的实验方案的人可能是新手。

想想你使用的数量、样品复制、储存条件、旋转和混合,以及如何操作各种仪器和设备的细节。对于试图在自己的实验室工作流程中实施你的方案的研究人员来说,按时间顺序和模块化方式列出所有步骤是一个非常有效的组合。

注释、配方、技巧和窍门

我建议在方案草稿的结尾用一个简短的部分来强调你可能认为理所当然的细节。有时,正是这些小细节让实验得以顺利进行:轻轻弹动试管而不是用涡旋混合器;在用注射器浸润叶片之前先在叶片表面喷水;或者使用 PBS 和镊子去除切片凝胶上的胶水。

正是这些简单的技巧或 "秘籍",可以为研究人员成功实施实验方案节省数周甚至数月的时间和精力。

结论

一个经过精心整理的数据库可以成为高质量实验方案的支柱。越来越多的资源(如 Bio-protocol Protocols.io)可以让你有效地与科研群体分享你的方案,并建立自己的研究方法组合。

这些资源以及其他成熟的protocol期刊和组织(如 JOVEScience ExchangeCOSGBSI)正在填补一个重要的空白,以确保学术界保持其提供可重复结果的核心使命。

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实验方案实验流程实验过程可重复实验
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