研究的公开性和透明度正变得越来越重要，部分原因是学者们希望深入论文的表层，挖掘数据、代码甚至与这些文章相关的原始预印本中的金矿，以用于自己的研究。
学术出版商一直在满足这些需求。结果： 研究论文已不仅仅是发表在学术期刊上的静态文章，任何人都可以将许多研究论文背后的全部深度和广度资源视为独立的研究 "对象"，这些 "对象 "可共享、可引用、可重复使用，最重要的是，这些 "对象 "使他人的研究具有可重复性。
研究方案（protocol）： 重要的研究 "对象 "
研究方案亦称实验方案可以说是研究中最重要的元素之一，它可以为其他科学家提供复制和在此基础上开展工作的详细说明。
这些内容可以详细说明如何进行实验、计算模型、设备操作以及论文方法部分中报告的其他过程，从而加强文章的方法论部分。它们本身就很有价值，可以单独发表。它们可以作为研究人员的详细路线图，让研究人员无论论文的研究结果如何，都能按照原作者的方法持续测试和复制他人的研究。
而有些出版商已经为科研人员提供了这样的平台，知名的如 Protocol Exchange，是Nature Research开发的研究方案开放存取存储库，位于预印本平台Research Square上。它支持研究方案在自然科学各学科间的分发和共享。
这些研究方案可以作为预印本出版。它们可以作为单独的论文在期刊上发表，也可以作为一篇或多篇研究论文的 "对象"。
使用Protocol Exchange的优势
在Protocol Exchange上传研究方案的研究人员可为自己和科学界带来诸多益处：
- 可重复性。2016 年《自然》杂志的一项研究揭示了可重复性的危机，超过 70% 的受访研究人员尝试过重现其他科学家的实验，但均以失败告终；超过一半的受访者未能重现自己的实验。
- 明确性。Protocol Exchange所提供的版式为整个自然科学领域的研究方案设定了清晰一致的标准，允许对方法进行详细描述，从而方便读者查看、借鉴和复制其他作者的工作。为了帮助实现这一目标，版式涵盖了程序、所用试剂和设备、故障排除和预期结果的分步描述。
- 共享性。只要注明出处，就允许以任何媒介或格式使用、共享、改编、分发和复制。
- 透明和开放。就像作者在 Research Square 上发布的预印本一样，直接发布在 Protocol Exchange 上的研究方案也允许学界同仁免费发表评论。所有的评论和版本都是可见的，从而详细记录了研究方案的发展过程以及推动其变化的影响因素。越来越多的平台为科学界提供了通过透明和开放汇聚一堂的机会。
- 跟踪和永久性。所有上传到Protocol Exchange的研究方案都有自己的DOI。通过为研究方案分配独立的 DOI，作者可以识别任何使用了其方案的研究论文。它们还允许在论文和方案的全部细节之间建立无缝的永久链接。
- 版本管理。通过版本管理，研究方案不会被淘汰和取代；它们会得到更新和改进，所有过去的版本都与原始 DOI 相关联。虽然可以访问方案的所有版本，但最新版本是完全可发现的。简而言之，版本管理有助于确保研究论文的方法部分永不过时。版本管理还为科学界提供了一个明确的参考点，以确定论文中使用的确切方案和版本。
增强同行评审的潜力。像Protocol Exchange这样的专用资源可以支持更高质量的同行评审过程。同行评审人员可以参考研究方案以及代码和数据（如果方案已经发布），以加强稿件的审核过程。
将研究方案扩展到新领域
虽然Protocol Exchange主要由传统生命科学领域的人员使用，但研究方案可用于任何学科。
方案使用的例子几乎无穷无尽。
计算科学专家制定研究方案，帮助研究人员通过数学模型和计算技术获得一致有效的结果。
食品科学家使用方案来确保执行分析和实验的标准一致。这最终为食品的大规模生产提供了一致的质量保证。
公共卫生界的研究人员制定的方案可以确保从组织样本采集到调查数据收集等任何工作的一致性。
虽然所有科学领域的方案看起来可能不尽相同，但方案对任何使用方法收集、开展和报告研究的学科都非常有用。换句话说，任何科学学科都可以从像Protocol Exchange这样的平台中受益。
至于各学科可能需要怎样的具体版式调整，还有待观察。开发这些普适性的方案版式需要学术出版商与各研究领域的科学家进行更多的对话。
