在我们科研生涯中，文献管理软件几乎是不可或缺的基础工具。无论是整理阅读文献、在 Word 中插入引用，还是按期刊要求自动生成参考文献列表，这类工具都会直接影响科研效率，甚至影响投稿阶段的准确性与专业性。
目前学术界使用最广泛的几款文献管理工具，包括 RefWorks、EndNote、Zotero 和 Mendeley。不同工具在使用模式、协作方式、数据存储位置和适用人群上差异明显。
本期AJE就从科研人最关心的几个维度，系统梳理这些工具的特点与适用场景。
费用与获取方式
从成本角度看，这几款工具在“入门门槛”上都相对友好，但背后的使用逻辑并不相同。
- RefWorks
通常由高校或研究机构统一订购，对校内师生和校友免费开放。用户无需单独购买，但前提是隶属于订购机构。 - EndNote（桌面版）
经典的本地安装软件，一般由学校授权安装在校园设备或个人电脑上。对于有授权的用户而言，功能是“完整版”的。 - EndNote Online（基础版）
完全免费的在线版本，但功能明显受限，更像是桌面版的“轻量补充”。 - Zotero
开源（open source）软件，核心功能完全免费，存储空间可按需付费扩展。 - Mendeley（基础版）
免费使用，但在协作群组数量、云空间等方面存在限制。
需要强调的一点是：“免费”并不等于“无限制”。对科研人员而言，更重要的是是否满足长期积累文献、复杂引用场景和协作需求。
工具定位与使用场景
在实际科研工作中，文献管理工具并不是“功能越多越好”，也不存在一个可以覆盖所有科研场景的“万能选择”。每一款工具在设计之初，都隐含了一套对科研流程的理解：是以教学为中心，还是以长期研究积累为核心？是强调便捷访问，还是优先考虑数据控制与引用规范？理解这些差异，比单纯比较功能更有价值。
RefWorks：以教学与轻量科研为核心的云端方案
RefWorks 的整体设计明显围绕“低学习成本 + 云端访问”展开。用户不需要安装本地软件，只要登录账户即可在任意联网设备上使用，这使它在本科教学和研究生课程中非常受欢迎。对于刚开始接触学术写作的科研人员而言，RefWorks 最大的优势并不在于功能的复杂性，而在于减少工具本身带来的认知负担。
在实际使用中，RefWorks 更适合文献规模相对有限、研究周期较短的项目，例如课程论文、阶段性综述写作或硕士阶段的研究工作。当研究的重心更多放在“如何理解文献内容”，而不是“如何精细管理引用规则”时，这种云端工具的优势会更加明显。
不过，这种高度云端化的设计也意味着，用户对文献数据的控制权相对有限。当研究逐渐进入长期积累阶段，或涉及尚未公开的数据和研究方向时，这种依赖平台托管的方式可能不再是最优选择。
EndNote（桌面版）：为长期科研与复杂引用而生的经典工具
EndNote 桌面版之所以在科研界长期占据主流地位，很大程度上源于它对“科研是一个长期积累过程”这一现实的充分考虑。与云端工具不同，EndNote 将文献库完整地保存在本地计算机中，这一点在处理大型文献库、跨多年研究项目时尤为重要。
在实际科研写作中，EndNote 的优势往往体现在投稿阶段。许多高影响力期刊对参考文献格式有非常具体、甚至细微的要求，而 EndNote 的引用样式编辑器允许科研人员或编辑人员对字段、标点和排序规则进行精细调整。这种能力在面对审稿人或编辑提出“请严格按照期刊格式修改参考文献”的意见时，往往能显著减少返工成本。
因此，EndNote 更常被推荐给博士生、博士后以及以论文发表为主要工作目标的科研人员。它并不追求“即学即用”，但一旦掌握，往往能在长期科研中体现出稳定而可控的优势。
EndNote Online（基础版）：作为补充而非核心方案
需要特别指出的是，EndNote Online 的定位并不是“桌面版的替代品”。它更像是一个过渡性或补充工具，用于在无法安装桌面软件的环境中临时处理引用需求，或在不同设备之间进行基本同步。
在功能层面，在线版对文献管理和样式定制的支持相对有限，因此并不适合作为主要的文献管理平台。对于科研人员来说，理解这一点非常重要，否则很容易在研究后期发现工具本身已经无法支撑写作复杂度的提升。
Zotero：面向多样化资料与开放科研生态的灵活工具
Zotero 的设计理念明显不同于传统商业软件。它更强调开放性和跨资源整合能力，不仅可以高效抓取期刊论文信息，也非常适合管理网页、政策文件、技术报告等非传统学术文献。
在跨学科研究、方法论文、政策研究或系统综述中，研究者往往需要处理大量非标准来源的资料，而 Zotero 在这类场景中表现出很强的适应性。此外，其群组功能为多位研究者长期协作提供了较为稳定的支持，这也是许多国际合作团队偏好 Zotero 的原因之一。
从科研训练角度来看，Zotero 也更鼓励研究者理解“引用的结构”，而不是简单依赖自动生成结果。这种工具哲学，对研究规范意识的培养本身就具有积极意义。
Mendeley：强调易用性与早期协作体验
Mendeley 在设计上明显更注重使用体验与入门友好度。界面直观、操作路径清晰，使其在科研初期阶段具有较低的使用门槛。对于刚开始参与科研项目、需要快速建立个人文献库的研究生而言，Mendeley 往往能帮助他们迅速形成基本的文献管理习惯。
不过，在研究逐渐深入后，Mendeley 在引用样式精细控制和复杂协作方面的局限性也会逐步显现。因此，它更适合作为科研早期的过渡工具，而不是长期科研生涯中唯一的文献管理解决方案。
是否支持离校使用
这几款工具在校外使用方面均不存在硬性障碍。
但需要注意的是：
- 云端工具（RefWorks、Zotero、Mendeley）更依赖网络环境
- 桌面工具（EndNote）一旦安装完成，对网络依赖较低
对于经常出差、访学或居家的科研人而言，这一点会直接影响日常体验。
共享功能
很多人在刚接触这些文献工具时，会忽略一个问题：“共享文献”和“协同使用文献库”并不完全是一回事。
- RefWorks
支持与大量用户共享文献，甚至可以为课题组建立共享账号，适合教学和大规模协作。 - EndNote（桌面版）
支持共享库，但在实际使用中存在同时只能一人编辑的限制，更适合小规模、低频协作。 - EndNote Online
可通过在线账户共享文献组，但协作深度有限。 - Zotero
通过账户体系创建公开或私有群组，适合真正的多人协作与长期项目。 - Mendeley
支持创建有限数量的私有小组，适合早期项目或学生团队。
我们的建议是，对于多人长期项目，Zotero 或 RefWorks 往往更稳定；而个人主导型研究，EndNote 依然是很多科研人员的首选。
引用样式数量与定制能力
引用样式或者叫格式、风格，总之，看似是“最后一步”的事情，但在投稿过程中却极其关键。
我们总结了一下它们的样式数量：
- RefWorks：6000+
- EndNote（桌面版）：6000+
- EndNote Online：3500+
- Zotero：9000+
- Mendeley：8000+
但比“数量”更重要的是两点：
- 是否能精细修改样式
- 是否与期刊最新指南保持一致
在这一点上，EndNote 桌面版和 Zotero 的可定制性明显更强，也更适合面对严格引用规范的 SCI/SSCI 期刊投稿。
最后
其实，不管是什么文献管理软件，都不存在绝对意义上的“最好”。主要看你的需求。
真正重要的是：
- 你的研究阶段
- 你的合作模式
- 你的数据安全需求
- 你对引用规范严谨性的要求
如果你面向的是长期科研积累与高水平期刊投稿，工具的稳定性、可控性和规范性远比“是否好看、是否新潮”更重要。而理解这些工具背后的设计逻辑，本身也是科研训练的一部分。
